Además de la fiesta del 6 de enero, la celebración de los Santos Reyes en Tlajomulco se celebra el 25, 26 y 27 de septiembre desde hace 15 años. Al principio la fiesta se realizaba el día 27 de septiembre pero con los años los festejos se extendieron los días 25 y 26.
Los pioneros en realizar las festividades de este triduo fueron las familias Villanueva y Herrera apoyados por otras familias del municipio. Desde hace tres años se festejan los Santos Reyes en novenario que comienza el día 19 donde los primeros seis días se festeja de una forma muy austera con misa por la mañana, y rosario por la tarde.
Los días 25, 26 y 27 de septiembre se comienza con mañanitas, rosario de laudes y misa matutina; por la tarde la peregrinación y misa; y en la noche serenata con banda o grupo musical y castillo. El 27 de septiembre después de las mañanitas a las 10:00 am salen las imágenes de los Santos Reyes a Peregrinar por el pueblo y hacen un recorrido por la laguna posterior a esto termina con una celebración eucarística en la parroquia de los Santos Reyes con la Visita del Cardenal o el Obispo de Guadalajara.